胃肠神经功能紊乱
便秘时，粪便潴留，有害物质吸收可引起胃肠神经功能紊乱而致食欲不振，腹部胀满，嗳气，口苦，肛门排气多等表现。
形成粪便溃疡
较硬的粪块压迫肠腔使肠腔狭窄及盆腔周围结构，阻碍了结肠扩张，使直肠或结肠受压而形成粪便溃疡，严重者可引起肠穿孔。
患结肠癌
可能是因便秘而使肠内致癌物长时间不能排除所致，据资料表明，严重便秘者约10%患结肠癌。
诱发心、脑血管疾病发作
临床上关于因便秘而用力增加腹压，屏气使劲排便造成的心、脑血管疾病发作有逐年增多趋势。如诱发心绞痛，心肌梗塞发作，脑出血，中风猝死等。
引起肛肠疾患
便秘时，排便困难，粪便干燥，可直接引起或加强肛门直肠疾患。如直肠炎、肛裂、痔等。
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影响大脑功能
便秘时代谢产物久滞于消化道，细菌的作用产生大量有害物质，如甲烷、酚、氨等，这些物质部分扩散进入中枢神经系统，干扰大脑功能，突出表现是记忆力下降，注意力分散，思维迟钝等。
细胞变异
长期的便秘可是肠道细菌发酵而产生的有毒物质刺激粘膜上皮细胞，导致异形增生，易诱发变异。
导致五脏中毒
长期便秘，毒素在身体内不断地积聚，是体内五脏中毒现象，降低五脏功能，最终可能有小化大，造成其他疾病。
产生体臭
毒素的聚集可引起口臭和体臭。
导致肥胖
毒素导致大肠水肿，下半身血液循环减慢，易形成梨形身材及胖肚子。
如何改变肠道内环境：
人体肠道寄居了大量的正常微生物，如双歧杆菌、乳杆菌等，它们合成了多种人体必需的维生素和营养发育物质，促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收，同时还影响了宿主的生长、发育、物质代谢和衰老等方面，对人体健康起着至关重要的作用，一旦缺失或减少将引发多种疾病。低聚果糖（fructo-oligosaccharide，FOS）又名寡果糖或蔗果三糖族低聚糖，广泛存在于日常食物中，是一种优良的水溶性膳食纤维。动物实验已经证实，低聚果糖是肠内菌群的活化增殖因子，而人群试验鲜为报道。有实验通过对例受试人群连续服用14天低聚果糖口服液，对比服样前后、试食组与对照组间双歧杆菌、乳杆菌、产气荚膜梭菌、肠杆菌、肠球菌、拟杆菌的变化，分析低聚果糖口服液对人体肠道菌群的影响。
实验证明低聚果糖口服液对乳酸菌、双歧杆菌有增殖作用。而这两种菌为人肠道中主要的益生菌，能维持肠道的微生态平衡，又可成为引起局部和整体免疫应答的特异抗原，在免疫应答调控方面起重要作用。低聚果糖广泛存在于周围环境中，具有双歧杆菌活菌制剂相似的作用，能很好的调节肠道菌群，且制备简便，保存条件要求不高，值得深入研究、开发和利用。
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