1、异物损伤
最为常见的病因是直肠内异物损伤。未消化的骨片、木片或其它带有锐利角的各种异物可直接损伤直肠粘膜而发生直肠炎。此外，发生严重便秘时的坚硬粪便块，可引起直肠炎。
2、中毒和感染症
发生灭鼠药或重金属汞、砷等中毒或者发生以胃肠炎为主要特征的传染病时，常常继发直肠炎。不过此时，与直肠相比，其它胃肠管的病理变化更加严重，而且，大多数病例由此病因而表现临床症状。
3、良性肿瘤恶变
这种疾病是直肠炎的原因之一，一般直肠家族性息肉病、直肠腺瘤、乳头状瘤等，在一定的条件下，导致恶性病变。
4、饮食因素
高脂肪、高蛋白、低纤维素的饮食与直肠炎发病有关。这是因为高脂肪食物可使胆汁分泌增多，促进肠道细菌生长，而胆醇、胆盐在厌氧菌作用下，形成不饱和胆固醇，如脱氧胆酸和石胆酸增加，这二种致炎物数量增加，促进直肠炎发病。
5、慢性炎症刺激
长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。
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