文献详解肠道菌群研究真的没有那么难
大家好，我是胖师兄，隐匿这么久我又肥来了！今天想和大家聊一聊如何把一个过气热点和一个老掉牙的细胞整合到一起发顶刊。
废话不多说，直接进入正题：今天的主题是肠道菌群和巨噬细胞之间的交互作用；一看这个主题大家是不是就觉得突出一个字--旧，没错确实挺老套的两个研究对象。
但是就靠着这样的研究对象选择，浙大二附院的研究团队就完成了一篇GUT的发表，让我们一起来学习一波别人家的研究到底有什么独到之处使其可以“化腐朽为神奇。”
整篇文章大家肯定也懒得看，就算想看我也懒得复述；直接给大家简明扼要先说一下文章的主旨：
研究者首先发现在结直肠炎症微环境中存在单核细胞样巨噬细胞（简称MLM）在某些区域的趋化富集，而这些富集的MLM会导致该区域癌变。然后整个文章就是在已知MLM促进炎癌转化的前提下进行追溯研究，核心科学问题就是“MLM在结直肠炎症微环境中趋化富集的原因”（还不知道什么是科学问题的可以看过来了）。
整篇文章核心科学问题我们总结出来了，感觉是不是也不值一篇GUT？那么我们来看看作者是如何抽丝剥茧进行解密的吧，这里面的可以学习的点就多了，且看胖师兄给你一一划重点。
STEP1：研究者发现结直肠炎症中MLM异常富集可以导致结直肠癌发生，而MLM异常富集与趋化因子CCL2/CCR2配受体对相关（重点就是已知巨噬细胞富集受趋化因子及其受体调控，直接把已知的都检测一遍找到差异最显著的就行了）：
STEP2：接下来就要抛出下一个问题，CCL2/CCR2配受体由谁调控激活呢？进一步PCR筛选发现与TOLL样受体家族中TLR4表达差异最高，功能实验证明TLR4激活CCL2释放增多进而调控MLM趋化富集（这篇文章真的是实验能力强悍的课题组首选套路，又是已知趋化因子释放与TOLL样受体相关，把所有的再做一遍差异筛选）：
STEP3：是不是发现到现在肠道菌群还没出现？别急，这就要来了；TLR4活化原因不明，秉持着“遇事不决，选肠道菌群”的原则（何况本来就是个肠道疾病研究呢），进行差异菌群筛选，确定与MLM富集水平正相关的差异菌类型，然后分离其活性物质，判定与TLR4活化相关的配体分子：
STEP4：看到这里这文章大部分研究都已经完成了，是不是觉得这文章研究的思路缜密有余，新意不足？没错，确实创新性一般；但作为一个顶刊文章他总是有画龙点睛之笔的，这就是他最后一部分研究内容，先上图为敬：
最后画龙点睛居然是纯生信的一批结果！（生信又站起来了！）这批生信结果很好的分析出了本文所研究的TLR4/CCL2/CCR2相关信号通路介导巨噬细胞富集和极化，以及其互作免疫细胞共同对于结直肠炎癌转化的促进作用，为临床干预结直肠炎癌转化提供了一批新的靶点。
下面我们来总结一下这篇文章可学习的点有哪些：
首先就是缜密的肠道菌群研究体系，虽然做的是肠道菌群但菌群是通过”细胞表型异常—差异基因筛查—差异菌群筛查与相关性分析”这样一步步做出来的，环环紧扣。
其次其打破了我们常规的先生信筛选后实验验证的传统思维，开创性的用生信来验证实验结果以及升华临床意义，这一点非常高级且大胆，这点确实服！也给我们以后对于生信结果利用提出了一个新方向，即拿生信对于我们实验的一些发现进行明确和深化。
总而言之，这篇肠道菌群的顶刊研究相对还是比较容易复现的，想研究肠道菌群的粉丝们赶紧行动起来，Go,go,go!
注：此推文未经许可禁止转载！本期专题相关推荐：
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